Początki istnienia obecnej Szkoły Podstawowej im. Marii Konopnickiej sięgają XIX wieku. Czas jej założenia związany był z reformą szkolnictwa galicyjskiego, która nastąpiła po uzyskaniu przez Galicję autonomii. W Tarnowie reformą szkolnictwa zajęła się powołana w 1870 roku Rada Szkolna Okręgowa. W wyniku przeprowadzonej reorganizacji, jedyna funkcjonująca w mieście szkoła żeńska trywialna uzyskała status szkoły ludowej. Trudne warunki lokalowe i duża liczba uczennic spowodowały, iż nauka odbywała się w niej na dwie zmiany. W 1874 roku Rada Szkolna Krajowa zażądała od władz miejskich Tarnowa wybudowania dwóch nowych szkół dla dziewcząt – we wschodniej (Grabówka) i zachodniej (Strusina) części miasta. Decyzją Franciszka Kabury, okręgowego inspektora szkolnego, ludowa szkoła żeńska podzielona została na dwie odrębne szkoły dla dziewcząt. Wydzielono w niej czteroklasową szkołę żeńską, która dała początek Szkole Podstawowej im. Juliusza Słowackiego oraz ośmioklasową szkołę wydziałową żeńską, która zapoczątkowała obecną Szkołę Podstawową im. Marii Konopnickiej. Odrębne już szkoły rozpoczęły działalność w roku szkolnym 1879/1880. Szkołą wydziałową bezpośrednio po otwarciu kierował tymczasowo Henryk Mendocha, którego wkrótce zastąpił doświadczony pedagog Jan Ruszczyński, pełniący tę funkcję prawie trzydzieści lat. Szkoła funkcjonowała w budynkach przy katedrze w pomieszczeniach dawnej szkoły siedmioklasowej i pozostawała przez jedenaście lat koło katedry.
Wiosną 1885 roku podjęto decyzję o budowie szkoły. Projekt autorstwa Szczęsnego Zaremby, został zrealizowany. Lokalizację budynku wyznaczono na gruncie miejskim, przy przedłużonej ul. Koszarowej (A. Mickiewicza), a wykonanie powierzono inż. Januszowi Rypuszyńskiemu. Budowę rozpoczęto w 1889 roku, a ukończono rok później. W roku szkolnym 1890/1891 szkoła rozpoczęła naukę w nowym, dwupiętrowym gmachu, zaliczanym ówcześnie do jednego z największych i najbardziej funkcjonalnych budynków w mieście. Szkole nadano imię Franciszka Józefa I.
Cały zakład obejmował szkołę wydziałową, od roku 1898/1899 przekształconą w pięcioklasową, połączoną z czteroklasową szkołą pospolitą. W godzinach popołudniowych odbywała się w szkole nauka uzupełniająca na tzw. „kursie robót ręcznych”, na który uczęszczało osiemdziesiąt uczennic i kursie teoretycznym, przygotowującym do egzaminu dojrzałości. Dyrektorem szkoły pozostawał nadal Janusz Ruszczyński. Później kurs teoretyczny został przekształcony na „wyższy kurs naukowy”, którego program był zbliżony do seminarium nauczycielskiego i cieszył się dużym powodzeniem wśród uczennic. W 1908 roku zmarł długoletni dyrektor Szkoły – Jan Ruszczyński. Następnie stanowisko to objęła dotychczasowa nauczycielka Aleksandra Tuzikiewicz, która kierowała szkołą do roku 1914.
Przed wybuchem wojny, w 1913 roku, powstała przy szkole pierwsza w Tarnowie drużyna skautingu żeńskiego im. Emilii Plater, którą prowadziła nauczycielka Franciszka Czernecka. Od 1914 roku stanowisko dyrektora (tylko tymczasowo) objęła Maria Esipeńko. Z wybuchem wojny nastały dla szkoły trudne czasy. W lipcu 1914 r. budynek szkolny zajęła armii austriacka, która założyła w nim szpital polowy, a następnie wojsko rosyjskie. Zniszczeniu uległo wówczas całe wyposażenie i ogród szkolny. Po wycofaniu się Rosjan, od maja 1915 roku budynek zajęło ponownie wojsko austriackie. W tym czasie doszło także do przypadkowego wybuchu miny w bibliotece, który zniszczył większość księgozbioru. Istniejąca sytuacja spowodowała, że przez cały rok szkolny 1914/1915 nie prowadzono żadnych zajęć. Naukę wznowiono dopiero w sierpniu 1915 roku i była ona prowadzona w ogrodach i w polu, bo wszystkie budynki nadal były zajęte przez wojsko. Od października klasy szkolne podzielono i rozlokowano w kilku działających placówkach: Szkole im. Stanisława Konarskiego, Szkole im. M. Kopernika, w domu Księży Misjonarzy. W roku szkolnym 1915/1916 szkoła powróciła do swojego gmachu, lecz zniszczenia i brak opału powodowały częste przerwy w nauce i niską frekwencję. Ponadto w budynku umieszczono jeszcze Szkołę im. Królowej Jadwigi i Szkołę im. H. Sienkiewicza. W następnych, również trudnych latach szkoła radziła sobie na miarę swoich możliwości i nie pozostawała bierna wobec licznych problemów: organizowano pomoc dla najuboższych uczennic i kolonie letnie pod opieką nauczycielek. Grono pedagogiczne i uczennice pomagały w opiece nad rannymi żołnierzami.
W 1918 roku, jeszcze przed ogłoszeniem niepodległości, nastąpiły w sytuacji szkoły pewne zmiany. Funkcję dyrektorki szkoły objęła Ludwika Rozsayówna. W rozpoczynającym się roku szkolnym 1918/1919 dokwaterowano jeszcze sześć oddziałów czteroklasowej Szkoły Męskiej im. Tadeusza Czackiego.
Z chwilą odzyskania przez Polskę niepodległości zmieniono nazwę szkoły wydziałowej żeńskiej, dotychczasowej Franciszka Józefa I – na Marii Konopnickiej (minęło jednak kilka lat, zanim nastąpiło uroczyste nadanie szkole imienia pisarki).
Po radosnych uroczystościach odzyskania niepodległości musiał nastąpić powrót do trudnej rzeczywistości szkolnej, znaczony różnorodnymi brakami w zaopatrzeniu i epidemiami. Z powodu wojny z bolszewikami znowu budynki szkolne zostały zajęte przez wojsko i rok szkolny 1920/1921 rozpoczął się z opóźnieniem. Pomimo różnych trudności szkoła funkcjonowała nadal i cały czas wzrastała w niej frekwencja. W roku szkolnym 1921/1922 zniesiona została austriacka nomenklatura szkolnictwa i dawne nazwy: szkoła ludowa, pospolita czy wydziałowa, zastąpiono jednym określeniem – szkoła powszechna. Na specjalnej uroczystości w dniu 29 października 1922 roku nadano szkole oficjalne imię Marii Konopnickiej, której jedenastą rocznicę śmierci obchodzono ledwie trzy tygodnie wcześniej. Szkoła nosi to imię do dziś.
W latach dwudziestych sytuacja szkoły zaczęła się stopniowo poprawiać. Już w styczniu 1921 roku przeniesiono do własnego gmachu Szkołę im. Królowej Jadwigi, a w maju 1923 roku wyprowadzono Szkołę im. H. Sienkiewicza. W lipcu 1923 roku Rada Szkolna Miejscowa umieściła tymczasowo w ich miejsce Seminarium Żeńskie im. Św. Jadwigi, którego zarząd zajął się zelektryfikowaniem budynku. „Tymczasowy” pobyt „Jadwiżanek” w budynku szkolnym przeciągnął się jednak do 1935 roku.
W całym okresie międzywojennym szkoła, poza normalną nauką, rozwijała różne formy opieki nad uczennicami. Organizowano kolonie letnie, przeprowadzano dożywianie, wspomagano pomocą rzeczową (odzież, obuwie) najbiedniejsze uczennice.
W 1922 roku powstało Szkolne Koło Młodzieży PCK i rozwijała się szkolna drużyna harcerska, (prowadzone przez Eleonorę Liszczykównę) przy której Franciszka Czernecka założyła w 1930 roku drużynę zuchów. Od 1932 roku zaczęło działać kółko sportowe zorganizowane również przez F.Czernecką. Pracowała Szkolna Kasa Oszczędności, istniał sklepik szkolny, rozrastała się biblioteka szkolna, licząca na przełomie 1931/1932 roku już ok. tysiąc pięćset woluminów.
Gdy 1 września 1931 roku Ludwika Rozsayówna przeszła na emeryturę, kierownictwo objęła Franciszka Czernecka i kierowała szkołą im. M. Konopnickiej do wybuchu II wojny światowej.
Wraz z rozpoczęciem wojny zaczął się najtrudniejszy okres w dziejach szkoły. Już w wakacje, 24 sierpnia 1939 roku, gmach zajęło wojsko. Wybuch wojny i szybko zbliżający się front uniemożliwiły rozpoczęcie roku szkolnego. Od 8 września, po zajęciu Tarnowa przez Niemców, w szkołach, w tym również Szkole im. M. Konopnickiej, rozlokowano oddziały niemieckie. Od października szkołę zajmował niemiecki urząd repatriacyjny zajmujący się ludnością powracającą ze Wschodu. Nauka w szkołach Tarnowa rozpoczęła się dopiero 6 listopada 1939 roku. Początkowo szkoła wznowiła naukę jeszcze we własnym gmachu, gdzie zajmowała drugie piętro. Jednak już 18 grudnia 1939 roku władze usunęły stamtąd szkołę, a w budynku zakwaterowano wysiedleńców z Wielkopolski. Od tego momentu Szkoła im. M. Konopnickiej bezpowrotnie utraciła swój pierwszy gmach, z którym związana była przez blisko pięćdziesiąt lat.
Szkoła podjęła jeszcze działalność po feriach zimowych 1940 roku w budynku Szkoły Żeńskiej im. J. Słowackiego na Grabówce, w której frekwencja, po usunięciu uczennic żydowskich się zmniejszyła. Jednak i z tego budynku Niemcy usunęli działające tam szkoły i Szkoła im. Konopnickiej korzystała przejściowo z gościny w innych budynkach (Szkoły im. Królowej Jadwigi, Szkoły im. K. Brodzińskiego i lokalach ochronek). W czasie okupacji jedenaście razy zmieniano budynek, tracąc przy każdej przeprowadzce część inwentarza.
W dniu 30 kwietna 1943 roku Szkoła im. M. Konopnickiej została rozwiązana. Grono nauczycielskie i uczennice rozproszono między trzy działające jeszcze szkoły żeńskie, resztki inwentarza odziedziczyła Szkoła im. Konarskiego.
W tajne nauczanie, które rozpoczęło się jesienią 1939 roku, czynnie włączyły się trzy nauczycielki: Zofia i Maria Michalskie oraz F. Czernecka. Okupacja niemiecka skończyła się 18 stycznia 1945 roku, ale Szkoła im. M. Konopnickiej nie mogła odzyskać swoich budynków, ponieważ budynek został przejęty przez Ministerstwo Poczty i Telegrafu. Staraniem grona pedagogicznego i kierowniczki F. Czarneckiej, która powróciła z przymusowej emerytury Szkoła im. M. Konopnickiej została uruchomiona. Jako lokal przyznano jej drugie piętro w zdewastowanym budynku Szkoły im. M. Kopernika i 15 lutego 1945 roku rozpoczęła się nauka. W pierwszym, pookupacyjnym roku szkolnym, trwającym zaledwie pięć miesięcy, szkole udało zorganizować na nowo pracę. Od roku szkolnego 1948/1949 kierowniczka F. Czernecka została przeniesiona na emeryturę, a funkcję p.o. kierowniczki została mianowana Janina Diaczenko. W planie wychowawczym szkoły nastał czas konsekwentnego budowania podstaw socjalizmu. Od roku szkolnego 1950/1951 po przejściu J. Diaczenko do Liceum Pedagogicznego, stanowisko kierowniczki objęła Maria Kawalerska, po roku mianowano na jej miejsce Zofię Masztelarz. Do roku 1956 szkoła działała w warunkach narzuconych ówczesną rzeczywistością.
Szkoła cały czas się rozrastała, zwiększała się frekwencja i coraz bardziej doskwierał brak własnego budynku. W roku szkolnym 1958/1959, w dwudziestu oddziałach uczyło się osiemset dziewcząt, cały czas korzystano z gościny Szkoły im. M. Kopernika, gdzie zajmowano drugie piętro. Starania kierowniczki Z. Masztalerz o przywrócenie dawnego gmachu lub budowy nowego przyniosły efekt. Z uwagi na sprzyjającą atmosferę polityczną (akcja: „Tysiąc szkół na Tysiąclecie”) 25 listopada 1958 roku zawiązany został Społeczny Komitet Budowy Szkoły im. Marii Konopnickiej. Budowa została włączona w plan inwestycyjny na rok 1960 jako: „Szkoła Pomnik Tysiąclecia”
8 stycznia 1961 roku uroczyście wmurowano kamień węgielny, w marcu zakończono prace fundamentowe, do końca roku kalendarzowego powstało piętro, a w marcu 1962 budynek był gotowy w stanie surowym. Odbiór techniczny nastąpił 30 sierpnia 1962, a 3 września uroczyście otwarto nową szkołę i odsłonięto tablicę ku czci Marii Konopnickiej. Rok 1962/1963 rozpoczęty został w najnowocześniejszym budynku szkolnym w Tarnowie. Z dwudziestodziewięcioosobowym gronem pedagogicznym podjęło naukę dziewięćset pięćdziesiąt pięć uczennic w dwudziestu czterech oddziałach. Od roku 1964/1965 wszystkie szkoły podstawowe stały się zakładami koedukacyjnymi. W tym też roku, po raz pierwszy w dziejach Szkoły im. M. Konopnickiej do klas pierwszych przyjęto siedemdziesięciu sześciu chłopców. W roku szkolnym 1966/1967 wprowadzona została szkoła ośmioletnia.
W grudniu 1966 roku szkoła otrzymała sztandar. W 1972 roku zgodnie z wprowadzoną Kartą Praw i Obowiązków Nauczyciela, kierownicy szkół podstawowych zostali przemianowani na dyrektorów. W tym też roku odeszła na emeryturę długoletnia kierowniczka Zofia Masztelarz, inicjatorka budowy nowej szkoły. Od 31 sierpnia 1972 obowiązki dyrektora szkoły objęła długoletnia nauczycielka Władysława Łabno. Od września 1975 roku w szkole pracował pedagog, jako pierwsza funkcję tę sprawowała Antonina Rózga.
W całym tym okresie szkoła prowadziła wszechstronną działalność i zaliczana była do najlepszych w mieście. Działały kółka zainteresowań takie jak: literackie i recytatorskie, plastyczne, biologiczne, historyczne, techniczne, sportowe, chór i rytmiki. Dużą aktywność wykazywały szkolne drużyny zuchów i harcerzy. Działały także koła: PPR, PCK, SKO, SFOKiS. Działalność tych kółkach zainteresowań przekładały się na sukcesy i osiągnięcia w wielu konkursach i olimpiadach. Do najgłośniejszych osiągnięć szkoły należały sukcesy teatrzyków młodzieżowych .
Sukcesywnie poprawiał się stan otoczenia szkoły. Uporządkowana została zieleń wokół budynku, w roku 1976/1977 oddano do użytku boisko szkolne.
W grudniu 1981 roku, po wprowadzeniu stanu wojennego, szkoła przejęła dodatkowe obowiązki. Pomimo zawieszenia nauki, nauczyciele pełnili codziennie dyżury, czynna była świetlica, w której wydawano gorące posiłki dla dzieci. Rozpoczęcie nauki, które przypadło na 5 stycznia 1982 roku, łączyło się z próbą przywrócenia poprzedniej sytuacji, jednak pomimo zawieszenia, a później rozwiązania przez władze NSZZ „Solidarność”, okazało się to już niemożliwe.
W 1988 roku przeprowadzono w całym budynku wymianę podłóg na parkiety. Do wielkich wydarzeń należało bez wątpienia nawiązanie kontaktów z holenderską szkołą w Arnhem, która za pośrednictwem Kościoła zgłosiła chęć współpracy i pomocy szkole polskiej. Dzięki temu, w wakacje 1987 roku trzydzieścioro troje dzieci wyjechało na wypoczynek do Holandii.
Pełniąca po J. Kochańskiej od 1978 roku funkcję zastępcy dyrektora Krystyna Gościmińska przeszła na stanowisko dyrektorskie Szkoły im. M. Kopernika, a jej miejsce zajęła nauczycielka Maria Stanek.
Zmiany polityczne i upadek systemu komunistycznego zapoczątkowały proces zmiany w szkolnictwie. W Szkole im. M. Konopnickiej, w roku szkolnym 1988/1989 powstaje Komitet Założycielski NSZZ „Solidarność”. Związek ponownie zaczyna swoją działalność. Przełom 1989 i 1990 roku, pierwszy rok szkolny po wyborach czerwcowych i powstaniu pierwszego, demokratycznego rządu zaznacza się dalszymi zmianami. W lutym 1990 roku, decyzją Rady Pedagogicznej, rozwiązany został zespół kierowniczy szkoły. W tym samym roku odeszła na emeryturę dotychczasowa dyrektor W. Łabno. Wyborem Rady Pedagogicznej w czerwcu 1990 roku, nową dyrektorką szkoły została mianowana przez kuratora na rok szkolny 1990/1991 Maria Stanek.
W 1992 roku, zgodnie z ustawą o systemie oświaty i zarządzeniem MEN w sprawie ramowego statutu szkół publicznych, szkoła opracowała własny statut, zatwierdzony przez Radę Pedagogiczną 12 października 1992 r.
W latach 1990 – 2007 w szkole zmienia się dużo od modernizacji podłóg na korytarzach przez remont wszystkich łazienek i przystosowanie kilku z nich dla osób niepełnosprawnych, aż po zorganizowanie pracowni komputerowej z dostępem do sieci Internetu.
Wiosną 2007 roku p. Maria Stanek informuje o zamiarze przejścia na emeryturę. W dniu 11 kwietnia 2007 r. Urząd Miasta Tarnowa przeprowadza konkurs na stanowisko dyrektora „trójki”, w wyniku którego wybiera nauczyciela tej placówki z 20 letnim stażem (byłego ucznia SP3) p. Leszka Marka. W historii Szkoły Podstawowej Nr 3 jest to trzeci, a od 1908 roku pierwszy mężczyzna na tym stanowisku.
W roku 2011 szkoła walczy o przetrwanie, ponieważ decyzją Urzędu Miasta Tarnowa,
z niezrozumiałych powodów placówka ta miała zostać rozwiązana. Dzięki nieugiętej postawie dyrektora Leszka Marka, działaniom podjętym przez ówczesną radę rodziców oraz grono pedagogiczne udało się szkołę uratować.
W roku szkolnym 2012 konkurs na dyrektora Szkoły Podstawowej nr 3 wygrywa pani Renata Koralik i pełni tę funkcję do 2017 r. Na następną kadencję zostaje ponownie wybrany wcześniejszy dyrektor szkoły – pan Leszek Marek. Jest to niełatwy czas wdrażania reformy oświaty, której celem jest przekształcenie sześcioklasowej szkoły podstawowej w ośmioklasową.